El programa promueve la generación de políticas y normas que fomenten el ordenamiento de las actividades humanas en el mar y la creación o fortalecimiento de espacios de concertación pública donde se discutan los planes, políticas y normas que regulen las actividades humanas en áreas marinas seleccionadas y generen acuerdos sociales para el proceso de ordenamiento del mar.
A nivel nacional, el programa de Incidencia Política genera herramientas e instrumentos para garantizar la implementación de los planes de manejo a través de políticas, leyes o proyectos de recaudación de fondos.
En materia de gestión, el programa ha venido promoviendo y liderando las mesas temáticas de acuicultura marina y pesca deportiva con la autoridad pesquera, el Instituto Colombiano para el Desarrollo Rural, y el Congreso de la República con los aportes a la ley de pesca.
Participa activamente en la elaboración de la Política Nacional de Pesca en asocio con las entidades públicas y organizaciones no gubernamentales bajo el liderazgo de la Presidencia de la República.
Finalmente y en coordinación con el programa de Comunidades y Ciencia, financia los talleres de Buenas Prácticas de Pesca y Gobernanza para la construcción de acuerdos para la implementación de los planes de manejo.